生物系统

PBS 环境下运行
PBS 是公开源代码的作业管理系统，在此环境下运行，用户不需要指定程序在哪些节点上运行，程序
所需的硬件资源由PBS 管理和分配。
1、PBS 命令
PBS 提供4 条命令用于作业管理。
(1) qsub 命令—用于提交作业脚本
命令格式：
qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix]
[-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options]
[-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c]
[-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V]
[-W additional_attributes] [-z]
[script]
参数说明：因为所采用的选项一般放在pbs 脚本中提交，所以具体见PBS 脚本选项。
例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，系统将产生一个作业号
(2) qstat 命令—用于查询作业状态信息
命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
参数说明：
-f jobid 列出指定作业的信息
-a 列出系统所有作业
-i 列出不在运行的作业
-n 列出分配给此作业的结点
-s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议
-R 列出磁盘预留信息
-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态
-q 列出队列状态，并以alternative 形式显示
-au userid 列出指定用户的所有作业
-B 列出PBS Server 信息
-r 列出所有正在运行的作业
-Qf queue 列出指定队列的信息
-u 若操作符为作业号，则列出其状态。
若操作符为destination id，则列出运行在其上的属于user_list 中用户的作业状态。
例：# qstat -f 211 查询作业号为211 的作业的具体信息。
(3) qdel 命令—用于删除已提交的作业
命令格式：qdel [-W 间隔时间] 作业号
命令行参数：
例：# qdel -W 15 211 15 秒后删除作业号为211 的作业
(4) qmgr 命令—用于队列管理
qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"
qmgr -c "set queue batch started=true"
qmgr -c "set queue batch enabled=true"
qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"
qmgr -c "set queue batch resources_default.walltime=3600"
qmgr -c "set server default_queue=batch"
2、PBS 脚本文件
PBS 脚本文件由脚本选项和运行脚本两部分组成。
(1) PBS 作业脚本选项 （若无-C 选项，则每项前面加‘#PBS’）
-a date_time ： date_time 格式为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]
表示经过date_time 时间后作业才可以运行。
-c interval ： 定义作业的检查点间隔，如果机器不支持检查点，则忽略此选项。
-C directive_prefix ：在脚本文件中以directive_prefix 开头的行解释为qsub 的命
令选项。（若无此选项，则默认为’#PBS’ ）
-e path ：将标准错误信息重定向到path
-I ：以交互方式运行
-j join ：将标准输出信息与标准错误信息合并到一个文件join 中去。
-k keep ：定义在执行结点上保留标准输出和标准错误信息中的哪个文件。
keep 为o 表示保留前者，e 表示后者，oe 或eo 表示二者都保留，
n 表示皆不保留。若忽略此选项，二者都不保留。
-l resource_list ： 定义资源列表。以下为几个常用的资源种类。
cput=N ： 请求N 秒的CPU 时间; N 也可以是hh:mm:ss 的形式。
mem=N[K|M|G][B|W]：请求N {kilo|mega|giga}{bytes|words} 大小的内存。
nodes=N:ppn=M ：请求N 个结点，每个结点M 个处理器。
-m mail_options ：mail_option 为a：作业abort 时给用户发信；为b：作业开始运行发信；为e：
作业结束运行时发信。若无此选项，默认为a。
-M user_list ： 定义有关此作业的mail 发给哪些用户。
-N name ： 作业名，限15 个字符，首字符为字母，无空格。
-o path ： 重定向标准输出到path。
-p priority ： 任务优先级，整数，[-1024，1023]，若无定义则为0.
-q destination ： destination 有三种形式： queue , @server,queue@server。
-r y|n ： 指明作业是否可运行，y 为可运行，n 为不可运行。
-S shell ： 指明执行运行脚本所用的shell，须包含全路径。
-u user_list ： 定义作业将在运行结点上以哪个用户名来运行。
-v variable_list ： 定义export 到本作业的环境变量的扩展列表。
-V ： 表明qsub 命令的所有环境变量都export 到此作业。
-W additional_attributes ： 作业的其它属性。
-z ： 指明qsub 命令提交作业后，不在终端显示作业号。
(2) 运行脚本同LINUX 下一般的运行脚本文件。
[注]：脚本文件中的mpirun_rsh 命令行中的节点列表文件要用环境变量表示
$PBS_NODEFILE，这个环境变量表示由pbs 自动分配给作业的节点列表；
节点数为命令行中指定的进程数。
格式如下：
mpirun_rsh –np 进程数 –hostfile $PBS_NODEFILE 可执行程序名
3、PBS 环境下运行示例
(1)脚本文件编辑示例
实例1：运行mpi 程序
命令行：#vi aaa.pbs
编辑的内容：
#PBS -N myjob
#PBS -o /home/jz/my.out
#PBS -e /home/jz/my.err
#PBS –l nodes=2:ppn=2
cd 目录（你们原来直接在节点上运行时所在的目录）
mpirun_rsh –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld
解释：原先大家都是在中断输入 mpirun_rsh…..这些命令执行程序的，现在只要把这些提交命令放
在.pbs 配置文件的最后，由PBS 来调度执行（自动分配节点和其它资源）。
Myjob 是为你此次要运行的程序起的任务名，可以改成你自己想要的名字
原先输出信息都是直接在屏幕上显示的，现在屏幕上的显示全部输出到文件中，上例中输出文
件是/home/jz/my.out 文件，大家可以根据自己的需要修改（目录，文件名）。程序运行时遇到的一些错误会
记录在.err 文件中。好处:因为对每个任务都设定了不同的输出文件，所以看结果只要打开相应文件看就可
以了，不需要开多个终端，而且里面有任务的详细信息，比如实际分配的是哪些节点计算，运行时间等。
#PBS –l nodes=2:ppn=2，你们程序需要几个节点只要修改nodes 后的数字就可以了，ppn=2 保持
不变，因为我们的机器每个节点都是双cpu 的。
mpirun_rsh –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld
此例中-np 后的4 是并行数（2 × 2 ＝ 4 个cpu ）， –hostfile $PBS_NODEFILE 不需要改变。
/home/jz/helloworld 是你编译好的可执行文件名，需修改。
对于每个你要运行的mpi 程序都需要这样一个.pbs 配置文件
也就是说大家原来的操作是：mpirun…………
现在改成2 步走：1）写个pbs 配置文件(比如xxx.pbs)；2）向pbs 提交（qsub xxx.pbs）
实例2：运行非mpi 程序
有些用户并不是自己编写mpi 程序，同样也可以用pbs 提交。
比如物理系运行程序时一般输入的命令是 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt ，那么配置文件可以
这样写：
命令行：#vi job.pbs
编辑的内容：
#PBS -N physics_job
#PBS -o /home/physics/physics_job.out
#PBS -e /home/physics/physics_job.err
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -r y
cd 目录（你们原来直接在节点上运行时所在的目录）
RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt
解释：也就是说把原来在终端直接输入的命令RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt 放到pbs 配置
文件中，因为你们只要一个节点，所以nodes=1，至于用哪个节点系统自动分配，你们肯定很关心是分配
了哪个节点给你们，那么可以用qstat 命令查询（比如qstat -n）。
(2) 提交作业示例
命令行：#qsub aaa.pbs
显示结果：
(3) 作业状态查询示例
Qstat 后加不同参数可以查看不同的信息（各参数的意思，上面有详细的说明，你们可以一个个试验一
下，以后就知道查看哪些信息，需要哪些参数）
实例：
命令行：#qstat –a （查看作业的状态）
显示结果：
解释：Job id 211 是给你提交的任务分配的任务号，S（任务状态，R 表示正在运行，Q 表示正在排
队等候调度）
8
命令行：#qstat –n （查看作业使用的节点）
显示结果：
解释:blade32 就是分给你这个任务的节点
命令行：#qstat –f 211 （查看有关作业运行具体信息）
显示结果：
解释：exec_host 显示的是实际执行该任务的节点

一、MPI 编程
1、MPI 编程函数介绍
MPI 实际上是一个提供并行程序消息传递机制的函数库，有40 多个函数，常用的有6 个基本函数。下
面以C 语言为例简单介绍这些函数。
（1）MPI_Init 函数
定义：int MPI_Init(int *argc, char ***argv)
功能：用命令行参数初始化MPI 环境
输入：argc、argv—表示命令行参数，同C 语言的main()函数参数格式，argv 中包含欲并行运行的进程
数
输出：返回值—非零/零表示初始化是否成功
说明：该函数必须为程序中第一个调用的MPI 函数
示例：MPI_Init(&argc, &argv); // argc、argv 引用的是mian()函数的参数
（2）MPI_Finalize 函数
定义：int MPI_Finalize (void)
功能：结束MPI 程序的运行，指结束MPI 环境的使用
输入：无
输出：返回值—非零/零表示结束MPI 环境是否成功
说明：该函数必须为程序中最后一个调用的MPI 函数
示例：MPI_ Finalize ();
（3）MPI_Comm_size 函数
定义：int MPI_Comm_size(MPI_Comm comm, int *size)
功能：得到总进程数
输入：comm 通信域句柄（系统默认的为MPI_COMM_WORLD，也可自己定义）
输出：size，即通信域comm 内包括的进程数整数
（4）MPI_Comm_rank 函数
定义：int MPI_Comm_rank(MPI_Comm comm, int *rank)
功能：得到本进程的进程号
输入：comm，该进程所在的通信域句柄
输出：rank，调用进程在comm 中的标识号
（5）MPI_Send 函数
定义：int MPI_Send(void* buf, int count, MPI_Datatype datatype, int dest, int tag, MPI_Comm comm)
功能：发送消息给特定的进程
输入：buf 发送缓冲区的起始地址(可选类型)
count 将发送的数据的个数(非负整数)
datatype 发送数据的数据类型(句柄)
dest 目的进程标识号(整型)
tag 消息标志(整型)
comm 通信域(句柄)
输出：无
（6）MPI_Recv 函数
定义：int MPI_Recv(void* buf, int count, MPI_Datatype datatype, int source, int tag,MPI_Comm comm,
MPI_Status *status)
功能：接受别的进程发过来的消息
输入：count 最多可接收的数据的个数(整型)
datatype 接收数据的数据类型(句柄)
source 接收数据的来源即发送数据的进程的进程标识号(整型)
tag 消息标识与相应的发送操作的表示相匹配相同(整型)
comm 本进程和发送进程所在的通信域(句柄)
输出：buf 接收缓冲区的起始地址(可选数据类型)
status 返回状态 (状态类型MPI_Status)
2、MPI 程序示例
MPI 程序中必须包含MPI 库的头文件，C 语言头文件名为mpi.h，FORTRAN 语言头文件名为mpif.h。
/* helloworld.c 程序清单*/
#include “mpi.h”
main(int argc, char **argv)
{
int numprocs,myrank,i,j,k;
MPI_Status status;
char msg[20];
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs); //
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myrank);
if(myrank == 0)
{

strcpy(msg,”Hello World”);
MPI_Send(msg,strlen(msg)+1, MPI_CHAR,1,99, MPI_COMM_WORLD);
}
else if(myrank ==1)
{
MPI_Recv(msg,20,MPI_CHAR,0,99,MPI_COMM_WORLD,&status);
printf(“Receive message = %s\n”,msg);
}
MPI_Finalize();
}

二、MPICH 下编译和运行
1、编译
MPICH 环境下，程序的编译采用命令行方式，即在Linux 命令行下用mpicc 命令进行编译。
编译命令格式：mpicc –o 可执行文件名 源程序文件名
命令参数说明：(1) 源程序文件经过mpicc 编译连接以后得到可执行文件；
(2) 此处的mpicc 命令就是/usr/local/topspin/mpi/mpich/bin/mpicc ， 下文中的
mpirun_rsh 也是在此目录下。
程序编译示例：mpicc –o helloworld helloworld.c
2、运行
MPICH 环境下，程序的运行亦采用命令行方式，即在Linux 命令行下用mpirun_rsh 命令运行程序。
运行命令格式：mpirun_rsh –np 进程数 –hostfile 节点列表文件 ./可执行文件名
命令参数说明：节点列表文件(如：hosts)为手工建立的一个文本文档，内容为：
iblade01
iblade02
iblade03
iblade04
…
有多少个进程就需要写多少行，因节点为双CPU，故节点名可重复一次。(下例只需这
四行即可)
程序运行示例：mpirun_rsh –np 4 –hostfile hosts ./helloworld
运行结果：
Hello World!Process 0 of 4 on blade01.cluster.seu.edu.cn
Hello World!Process 1 of 4 on blade02.cluster.seu.edu.cn
Hello World!Process 2 of 4 on blade03.cluster.seu.edu.cn
Hello World!Process 3 of 4 on blade04.cluster.seu.edu.cn
强烈建议：不采用该方式，而采用PBS 环境下运行方式，因为所列节点可能有故障。